1.- Gestió de depuradores
El Consell Comarcal del Pla de l’Estany gestiona el sistema de sanejament comarcal, que comprèn dues depuradores d’ aigües residuals urbanes: EDAR del Terri i EDAR de Serinyà i que dóna servei als municipis de Serinyà, Banyoles, Cornellà del Terri, Porqueres, Palol de Revardit i Camós, amb una població total d’uns 25.700 hab., que representa el 89 % de la població total de la comarca. El sistema de sanejament també inclou una xarxa de col.lectors en alta que té més de 8 km de longitud i diverses estacions de bombeig. L’ EDAR del Terri depura cada any uns 400.000 m3 d’ aigües residuals i la EDAR de Serinyà, uns 70.000 m3.

2.- Control d’ abocaments industrials d’ aigües residuals al sistema de sanejament comarcal
El Consell Comarcal té la competència, cedida per l’ Agència Catalana de l’Aigua, del control d’ abocaments industrials a la xarxa de sanejament. El novembre del 2000 va entrar en vigència l’Ordenança comarcal sobre l’ús del sistema de sanejament al Pla de l’Estany. El Consell Comarcal autoritza la connexió al sistema de sanejament i té capacitat inspectora i sancionadora. Dins la seva tasca d’inspecció i control del sanejament, els tècnics del consell comarcal inspeccionen les indústries connectades, a les quals se'ls hi analitzen els seus abocaments d’aigües residuals.

Des del Consell Comarcal s’ ha fet una important tasca en aquest sentit, i s’ha aconseguit que pràcticament totes les indústries de la comarca que tenen una influència sobre el sistema de sanejament hagin instal·lat depuradores pròpies i tractin les seves aigües abans d’ abocar-les a la claveguera. Els resultats obtinguts han estat una disminució de les càrregues contaminants d’ entrada a les depuradores i, per tant una millor eficiència dels processos de depuració que es realitzen en les EDAR comarcals.